國家鼓勵或默認體制教會的建立和自治，寬容或保護非體制教會的生存與發展，即將所有未在當前「三自」系統登記的家庭教會合法化。目前的具體問題是︰如何將現有的通過各級政府宗教事務部門管理的「兩會」（即「中國基督教三自愛國運動委員會」和「中國基督教協會」）政教體制，過渡到在國家法律的框架內，允許和保障所有類型的教會組織按照其教義、教理和教規，設計出真正的自治的教會組織。這就需要研究國家宗教事務局職能和角色的轉換。而非體制教會組織和團體，應該如何在國家法律範圍內對其世俗行為做出合法和合理的規定和規範，也是一件涉及法律、法規、教義和倫理規則等許多方面的議題。
