Wolfgang Schmidbauer wurde als zweiter Sohn des Juristen im Staatsdienst Eduard Schmidbauer und der Lehrerin Elisabeth Schmidbauer, geborene Günther, geboren.[1] Der Vater starb 1944 im Zweiten Weltkrieg in der Ukraine. Schmidbauer selbst äußerte 2024, dass dieser frühe Verlust seine eigene Vaterrolle geprägt habe. Er habe diese Rolle von seinen Kindern gelernt.[2] Schmidbauer wuchs an verschiedenen Orten in Bayern auf.[1]
Auf einer Exkursion lernte Schmidbauer 1964 seine erste Ehefrau Silke kennen, die 2005 starb.[3] Er hat drei Töchter[4] und lebt in München und in Dießen am Ammersee.