Hernando Colón dedicó los últimos años de su vida a elaborar la biografía de su padre y la historia de sus viajes. La Historia del almirante don Cristóbal Colón no se publicó en vida de Hernando Colón. El manuscrito pasó a María de Toledo, su cuñada, la esposa de Diego Colón. Más tarde Luis Colón (hijo de Diego) lo entregó al genovés Baliano de Fornari. Este lo llevó a Venecia, donde fue impreso en 1571, con el título de Historie del S. D. Fernando Colombo; nelle s’ha particolare et vere relatione della vita e de fatti dell’Almiraglio D. Christoforo Colombo suo padre. El retraso en su publicación se debió, probablemente, a las fuertes críticas que vertió hacia los españoles que participaron en las expediciones de conquista tras el viaje de su padre. La Historia del almirante don Cristóbal Colón contiene un relato detallado de las expediciones de Colón y del descubrimiento de América. Sin embargo, su principal interés radica en la información geográfica y antropológica que proporciona sobre las tierras americanas, extraída de los propios escritos del almirante. Es polémica la autenticidad de esta biografía de Cristóbal Colón. Unos historiadores defienden la autoría de Hernando y consideran sus inexactitudes históricas resultado de los despistes o fallos del traductor. Otros opinan, incluso, que no fue escrita por Hernando Colón.
Una obra de un interés histórico tremendo. La escribe el hijo de Cristóbal Colón y cuenta la etapa previa al descubrimiento de América y los cuatro viajes que hizo su padre. Es un documento de primera mano, pues además de disponer de los diarios de Colón y muchos de los documentos de la época, él mismo estuvo embarcado en el cuarto viaje, siendo testigo de lo que narra. Hay que leerlo con sentido crítico, pues defiende siempre a su padre, incluso cuando no lleva razón, distorsionando a veces los hechos para presentarlos del modo más favorable. Por eso son tan valiosos los comentarios al texto, que indican lo que se sabe hoy día de los hechos narrados y corrigen las incorrecciones, conscientes o inconscientes, que tiene el libro. Hay que leerlo para tener una idea clara de lo que fueron los primeros años de la colonización del América.