Fue uno de los críticos literarios más reconocidos de México. Su trayectoria literaria le valió gran cantidad de premios, tales como el Premio Jalisco de Literatura (1990); el Premio Arlequín (1999); el Premio Iberoamericano de Poesía Ramón López Velarde (2005); el Premio Nacional de Ciencias y Artes en el área de Lingüística y Literatura, el Premio Mazatlán de Literatura y el Premio Nacional Periodismo Cultural «Fernando Benítez» (2006); la Medalla «Alfonso Reyes» de la UANL (2008) y el Premio Letras de Sinaloa (2010).
Estudió Derecho en la Universidad de Guadalajara, pero abandonó la carrera para dedicarse a la literatura. Fue profesor de Literatura en dicha universidad y en la UNAM, entre otras. Ha conducido programas culturales en radio y televisión. Fundó la editorial Diógenes, la Revista Mexicana de Literatura (junto con Carlos Fuentes), el suplemento La Cultura en México de la revista Siempre!, las revistas Ariel y Odisea de Guadalajara, y dirigió o colaboró en numerosas publicaciones culturales. Entre otras colaboró en La Gaceta del Fondo de Cultura Económica, El Gallo Ilustrado, Ovaciones, Punto, Revista de Occidente, Revista Sur de Buenos Aires, Sábado y Unomásuno.
Algunos de sus cuentos fueron ilustrados por el dibujante Enrique Sobisch.
Emmanuel Carballo fue autor de una vasta obra ensayística y de investigación, además de haber dirigido numerosas obras colectivas y antologías literarias, en particular sobre literatura mexicana.