در سال ۱۳۵۶ تحصیل در رشته مهندسی برق و الکترونیک را در دانشگاه شیراز آغاز نمود. پس از انقلاب دانشگاه را نیمه تمام رها کرد و در سال ۱۳۵۹ وارد حوزه علمیه قم شد. دوره آموزشی او در حوزه در سال ۱۳۷۵ و با گذراندن مرحله سطح عالی به پایان رسید. در سال ۱۳۷۶ به مرحله اجتهاد رسید و اجازه اجتهاد را از آیتالله حسینعلی منتظری دریافت کرد
در کنار تحصیلات حوزوی، در سال ۱۳۷۲ کارشناسی ارشد را در رشته الهیات و معارف اسلامی در مرکز تربیت مدرس دانشگاه قم اخذ کرد. پس از آن در سال ۱۳۷۸ از رساله دکتری خود با عنوان «تحلیل انتقادی آرا ابتکاری آقا علی مدرس در حکمت متعالیه» با راهنمایی دکتر غلامحسین ابراهیمی دینانی دفاع کرد و موفق به اخذ مدرک دکتری فلسفه و حکمت اسلامی گرایش حکمت متعالیه از دانشگاه تربیت مدرس شد. در این سال برای اولین بار پس از انقلاب روانه زندان شد. او در سالهای آخر دهه هفتاد هجده ماه را در زندان گذراند. شرح دفاعیات او در دادگاه ویژه روحانیت در کتاب بهای آزادی آمدهاست.
از اوایل دهه ۱۳۷۰ تدریس در مراکز آموزش عالی را شروع کرد. وی در سالهای ۱۳۷۳ تا ۱۳۷۷ به عنوان مدرس مدعو و از ۱۳۷۹ تا هنگام اخراج، به عنوان استادیار گروه فلسفه دانشکده علوم انسانی دانشگاه تربیت مدرس مشغول فعالیت بود. کدیور همچنین از سال ۱۳۸۳ تا ۱۳۸۵ مدیریت گروه فلسفه این دانشگاه را برعهده داشت. وی در خرداد سال ۱۳۸۶ به دلایل سیاسی از دانشگاه اخراج شد. این اتفاق اعتراضات دانشجویان و محافل روشنفکری را به همراه داشت. کدیور سپس به عضویت هیات علمی گروه فلسفه اسلامی مؤسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ایران درآمد.
کدیور همچنین ریاست انجمن دفاع از آزادی مطبوعات را از آغاز تاسیس آن (۱۳۷۸) تاکنون برعهده داشتهاست. تا امروز از او ۱۲ کتاب به چاپ رسیدهاست. او برادر جمیله کدیور است
کتابی دربرگیرنده نخستین مقالات محسن کدیور که حتی برای شناخت سیر اندیشه های او نیز به کار می آید و البته نشانگر روشن بینی و هوش و ذکاوت او از دوره جوانی. چیزی که امروزه در سخنرانی ها و مقالات او چشمگیر است و تحسین برانگیز. و البته نظم و دقتی که در صبحت و نوشتار دارد نیز. ـ