Το Εγχειρίδιο Ιστορίας Ιονίων Νήσων απευθύνεται κυρίως σε μαθητές και διδάσκοντες, αλλά και στο ευρύτερο κοινό που ενδιαφέρεται για μια περιεκτική, αλλά υπεύθυνα τεκμηριωμένη επισκόπηση της επτανησιακής ιστορίας. Μετά από μια κατατοπιστική εισαγωγική συζήτηση των στόχων και μεθοδολογικών αρχών του, το βιβλίο διαιρείται σε δέκα επιμέρους θεματικές ενότητες που παρουσιάζουν 1. τον ανθρωπογεωγραφικό χώρο της περιοχής, 2. την οικονομία και την κοινωνία της, 3. την ιστορία της από την αρχαιότητα μέχρι το Βυζάντιο και 4. από την βενετοκρατία μέχρι την ένωση με το ελληνικό κράτος, 5. τις ταξικές διαστρωματώσεις και τους σχετικούς ανταγωνιστικούς συσχετισμούς και συγκρούσεις, 6. την ποικιλόμορφη πολιτισμική παραγωγή (μουσική, θέατρο, εικαστικές τέχνες, λογοτεχνία) 7. τη λαϊκή τέχνη, 8. τους θεσμούς της εκπαίδευσης, 9. την εκκλησιαστική ιστορία, και 10. την ιστορική και ιδεολογική κατασκευή της επτανησιακής ταυτότητας.