Sinh: 6/10/1887 (20/8/Đinh Hợi) tại làng Bảo An, huyện Điện Bàn, tỉnh Quảng Nam. Mất: 16/1/1959 tại Hà Nội. Cha: Phan Trân. Mẹ: Hoàng Thị Lệ, con gái tổng đốc Hoàng Diệu.
Bút hiệu: Chương Dân, Khải Minh Tử, Tân Việt (chung với Diệp Văn Kỳ, Nguyễn Văn Bá), Thông Reo (chung với Nguyễn An Ninh), Tú Sơn (phiên âm chữ Tout Seul-Một Mình, để nhại Tú Mỡ)... Riêng trên báo Sông Hương (1936-1937), có hơn 10 tên khác nhau: Phan Khôi, Sông Hương, Ngự Sử, Phan Nhưng, Tú Vườn, Bê Ca, K, PK, TV, ... chắc chắn là Phan Khôi; còn TT, TM, PTT... có thể cũng là Phan Khôi. Vì vậy việc xác định văn bản Phan Khôi không dễ dàng.
Ông học giỏi Nho văn và đỗ tú tài năm 19 tuổi. Sau đó ông gặp cụ Phan Bội Châu, cụ Phan Châu Trinh và bị ảnh hưởng bởi tư tưởng của hai cụ.
Phan Khôi tại Lễ kỷ niệm Lỗ Tấn ở Bắc Kinh năm 1956
Năm 1907, ông ra Hà Nội, tham gia phong trào Đông Kinh Nghĩa Thục và làm việc cho tạp chí Đăng Cổ Tùng Báo. Khi tờ tạp chí bị cấm ông về Nam Định rồi về Hải Phòng ẩn náu. Ít lâu sau ông lén về Quảng Nam hoạt động trong phong trào Văn Thân cùng với cụ Huỳnh Thúc Kháng. Trong một cuộc biểu tình đòi giảm thuế, ông bị bắt và giam tại nhà tù Quảng Nam đến năm 1914 thì được ân xá.
Ra khỏi tù, ông lại về Hà Nội viết cho báo Nam Phong. Vì bất bình với Phạm Quỳnh, ông bỏ Hà Nội vào Sài Gòn viết cho báo Lục Tỉnh Tân Văn. Năm 1920, ông lại trở ra Hà Nội viết cho báo Thực Nghiệp Dân Báo và báo Hữu Thanh. Năm 1928, Thực Nghiệp Dân Báo và Hữu Thanh bị đóng cửa, ông lại trở vào nam viết cho báo Thần Chung và Phụ nữ tân văn. Năm 1931, Phan Khôi trở ra Hà Nội viết cho tờ Phụ nữ thời đàm.
Năm 1936, ông vào Huế viết cho tờ Tràng An và xin được phép xuất bản báo Sông Hương. Năm 1939, Sông Hương đóng cửa, Phan Khôi lại trở vào Sài Gòn dạy học chữ Nho và viết tiểu thuyết. Sau năm 1945, tức sau Cách mạng tháng Tám, ông được chủ tịch Hồ Chí Minh mời từ Quảng Nam ra Hà Nội tham gia kháng chiến với cương vị một nhà văn hóa. Ông ở Việt Bắc suốt 9 năm nhưng vì bị bệnh nên phải vào bệnh viện một thời gian. Cuối năm 1954 hòa bình lập lại, Phan Khôi về Hà Nội cùng với các văn nghệ sĩ khác. Trong thời gian 1956-1957, là một trong những người thành lập tờ Nhân Văn và có các bài phê phán giới lãnh đạo văn nghệ lúc bấy giờ, ông bị cấm sáng tác cho đến khi qua đời năm 1959 tại Hà Nội.
Khi mất, ông được chôn cất tại nghĩa trang Mai Động, sau đó, theo cơn biến động, các ngôi mộ buộc phải thuyên chuyển, bị san phẳng đi. Mộ ông Phan Khôi đã nằm trong những ngôi mộ vô thừa nhận không ai biết, đến nay ngay cả con cháu ông cũng không biết mộ ông nằm ở đâu
Năm 2007, kỷ niệm 120 năm ngày sinh của ông, một tọa đàm về ông đã được Tạp chí Xưa và Nay, Hội khoa học lịch sử Việt Nam tổ chức. Loạt sách Phan Khôi - Tác phẩm đăng báo, do nhà nghiên cứu Lại Nguyên Ân sưu tầm, cũng được xuất bản