Helmut Junker studierte Rechtswissenschaft und Medizin. Er leitete die Psychotherapeutische Forschungs- und Beratungsstelle für Studenten an der Gesamthochschule Kassel. Später übte er eine Professur mit Schwerpunkt Geschichte der Psychoanalyse an der gleichen Hochschule aus. Junker lebt heute in Hamburg und ist in privater Praxis als ärztlicher Psychotherapeut tätig.
Neben wissenschaftlichen Werken zur Psychotherapie veröffentlichte Junker in den Sechzigerjahren mehrere Jugendbücher zu Themen aus der Dritten Welt sowie ab Ende der Siebzigerjahre psychologische Romane und Erzählungen.